Све махунарке, укључујући црни пасуљ, садрже једињење звано фитохемаглутинин, које може бити токсично у великим количинама. Ово је озбиљан проблем и са црвеним пасуљем, који садржи толико велике количине ове супстанце да сирови или недовољно кувани пасуљ може бити отрован када се конзумира.
Међутим, количина фитохемаглутинина у црном пасуљу је генерално значајно нижа него у црвеном пасуљу, а извештаји о токсичности нису повезани са овом компонентом.
Ако још увек сумњате у фитохемаглутинин, добра вест за вас је да пажљиво кување смањује количину токсина у пасуљу.
Црном пасуљу је потребно дуго намакање (12 сати) и испирање. Ово само по себи уклања токсине. Након намакања и испирања, пасуљ проври и скините пену. Стручњаци препоручују да се пасуљ кува на јакој ватри најмање 10 минута пре пијења. Суви пасуљ не треба кувати на лаганој ватри, јер тиме не уништавамо, већ само повећавамо садржај токсина фитохемаглутинина.
Токсична једињења као што су фитохемаглутинин, лектин, присутна су у многим уобичајеним сортама махунарки, али црвени пасуљ је посебно богат. Бели пасуљ садржи три пута мање токсина од црвених сорти.
Фитохемаглутинин се може деактивирати кувањем пасуља десет минута. Десет минута на 100° је довољно за неутрализацију токсина, али недовољно за кување пасуља. Суви пасуљ се прво мора држати у води најмање 5 сати, а затим је оцедити.
Ако се пасуљ кува испод кључања (и без претходног кључања), на лаганој ватри, токсични ефекат хемаглутинина се повећава: познато је да је пасуљ куван на 80 °Ц и до пет пута токсичнији од сировог пасуља. Случајеви тровања су повезани са кувањем пасуља на лаганој ватри.
Примарни симптоми тровања фитохемаглутинином су мучнина, повраћање и дијареја. Почињу да се појављују један до три сата након конзумирања неправилно куваног пасуља, а симптоми обично нестају у року од неколико сати. Конзумирање само четири или пет сирових или ненатопљених и некуваних пасуља може изазвати симптоме.
Пасуљ је познат по високом садржају пурина, који се метаболишу у мокраћну киселину. Мокраћна киселина није токсин сама по себи, али може допринети развоју или погоршању гихта. Из тог разлога, особама са гихтом се често саветује да ограниче унос пасуља.
Веома је добро кувати сав пасуљ у експрес лонцу који одржава температуру знатно изнад тачке кључања током кувања и током растерећења притиска. Такође значајно смањује време кувања.