Код мале деце, у случају хормонске абнормалности, лечење се може састојати од ињекција Тестостерон, чију дозу и регуларност поставља ендокринолог. Овај добро праћен третман повећава величину пениса. Када је микропенис узрокован ткивима пениса која су неосетљива на тестостерон, овај хормонски третман нема ефекта.

Што се микропенис раније открије, што се третман брже примени, то ће бити ефикаснији. Лечење може бити неопходно и око пубертета. Након пубертета, хормонско лечење више није ефикасно јер ткива више не реагују на исти начин.

Хируршко лечење микропениса     

У одраслом добу, када микропенис није лечен или када третман није био довољно ефикасан, хирургија је могућа. Међутим, то не даје увек убедљиве резултате.

Пресек лигамента суспензија пениса, који иде од пениса до пубиса, може се понудити. Ни на који начин не модификује пенис, већ га делимично одваја од пубиса, чинећи га дужим. Уочено повећање је 1 до 2 цм у млитавом стању и 1,7 цм у ерекцији. Ово продужавање се постиже по цену нестабилног пениса у ерекцији, јер је слабије причвршћен за пубис, што може учинити пенетрацију мање лаким.

ТХЕаутологна ињекција масти укључује убризгавање масти субјекта под кожу његовог пениса. Ово ни на који начин не продужава пенис, већ га визуелно чини дебљим. Тело не апсорбује само део нанесене масти (10 до 50% у зависности од субјекта). Ресорпција може бити неуједначена и довести до изгледа пениса „бројанице“.

Микропенис може имати значајне психолошке реперкусије, посебно током адолесценције, важно је да се особи помогне и да се његове сумње узму у обзир.