Гљивичне инфекције често настају због једноставног неравнотежа микроорганизама који су природно присутни у телу.

У ствари, колонизована је мноштвом различитих гљивица и бактерија, углавном безопасних, па чак и неопходних за правилно функционисање тела.

Међутим, може се десити да се неке од ових гљивица размноже и постану патогене, или да „спољна“ гљивица, коју преноси на пример животиња, изазове инфекцију. Укупно 200-400 врста гљива може изазвати болест код људи⁵.

Међутим, гљиве присутне у животној средини такође могу контаминирати људе, на пример:

• инокулацијом, током повреде, на пример (која доводи до споротрихозе или хромомикозе, итд.);
• удисањем плесни (хистоплазмоза, апергилоза, итд.);
• контактом са зараженом особом (кандидијаза, лишајеви итд.);
• путем контакта са зараженом животињом.